انتقل إلى العراق لمزيد من التحصيل العلمي باحثاً ومحاضراً في جامعاتها ومنتدياتها الثقافية وحط به الرحال في لبنان 1959 كمرشد لمدينة صور. وقد عُرف بدعوته الى نبذ الطائفية والعنصرية وقد اعتبره كثيرون رمزاً للوحدة الوطنية، ومستشاره الخاص محمد سعد روى عبر صوت إطلاع الامام على الدين المسيحي، فقال إنّ الامام الصدر مطلع جدّاً على الانجيل وكان يتوجّه الى السياسيين المسيحيين بكلام السيد المسيح فيقول لهم لا يمكنكم أن تقتلوا أو تكرهوا باسم الانجيل.
عمل جاهداً على وقف الحرب الأهلية في لبنان وفي بدايتها عُرضت عليه صفقة خطرة من العقيد الليبي الراحل معمر القذافي للسير في مخطط للقضاء على المسيحيين فكان جوابه: لو لم يكن هناك مسيحيون في لبنان لكان علينا أن نجلب المسيحيين الى لبنان. الامام الصدر كان يُفاجىء الناس في الكثير من الأوقات بزيارة الكنائس حين كانت الأوضاع على أشدّ سخونتها بين الطرفين قال سعد لافتاً الى أنّ الامام الصدر أمر أعوانه ومناصريه الى احتضان المسيحيين خلال الحوادث الأمنية التي كانت تطاولهم والمكوث لديهم لتأمين الحماية لهم. في تاريخ 25/8/1978 وصل الامام الصدر الى ليبيا يرافقه الصحافي عبـاس بدرالدين والشيخ محمد يعقوب في زيارة رسمية.
أَغفلت وسائل الاعلام الليبية أخبار وصولهم إلى ليبيا. وانقطع اتصاله بالعالم خارج ليبيا خلاف عادته في أسفاره. إضافة إلى أن بدر الدين رافق الامام بهذه الزيارة لتغطية أخبارها بواسطة وكالة أخبار لبنان، الأمر الذي لم يحصل . ثبت في التحقيقات أن الثلاثة شوهدوا يغادرون الفندق في طرابلس الغرب بالسيارات الليبية الرسمية الموضوعة بتصرفهم، الأولى من بعد ظهر 31 آب متجهين للاجتماع بالقذافي الذي قال إنه فوجىء بإبلاغه ان الامام الصدر وصاحبيه غادروا ليبيا من دون تحقيق الاجتماع.
