المسجد الذي يعود تاريخ بنائه الى أكثر من 300 سنة، يقع في حيّ المدارس في بلدة شقرا، الحي الذي نسب الى المدرسة الدينية العريقة التي اسسها السيد ابو الحسن موسى الحسيني المولود سنة 1138 للهجري، والذي انتهت اليه الرياسة الدينية، وهي مدرسة فسيحة حفر في صحنها بئلراً تكفي من فيها من الطلبة ووقف لها في وادي الحجير أرضاً وشجراً من الزيتون لا يزالان باقيين الى اليوم، بحسيب المرجع الراحل السيد محسن الأمين، وظلت هذه المدرسة مع مسجدها عامرة الى عهد الحفيد السيد علي محمود الأمين، المرجع الذي جدد المدرسة واعاد احيائها، حتى وصل عدد طلابها الى أكثر من ثلاثماية طالب، ويقال أن أصوات المذاكرة كان يسمع ليلاً في قرية مجدل سلم. وقد استطاع محمد علي باشا الجزار الوصول الى هذه المدرسة، فهدمها وأحرق كتبها. الافتتاح الذي حضره العشرات من رجال الدين وأبناء البلدة، القيت فيه كلمات في المناسبة، قبل أن يأمّ العلاّمة المجتهد السيد محمد علي الأمين الصلاة، لينتقل الحضور الى منزل العلامة السيد محمد مصعب الأمين لتناول طعام العشاء.
